| 7F |
- 図書借出所
- 病院学校
- カトリック院牧室
- 志願奉仕室
- 医局
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| 6F |
- 新生児集中治療センター
- ※本館連結通路：6Ａ病棟、6Ｂ病棟、6Ｃ病棟、記憶障害クリニック、屋外休憩室
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| 5F |
- 臨床試験センター(研究病棟、電算・統計室、臨床薬理医局)
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| 3F |
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| 2F |
- 遺伝分子診断検査室
- 医局
- ※林斎館連結通路：人工腎臓室、腹膜透析室、診察室、教授研究室
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| 1F |
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| B1F |
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| B2F |
- ※ 本館連結通路：応急医療センター、応急院務課(受付・会計・入院)、 がんセンター(血液腫瘍内科、放射線腫瘍学科)、MRI室、ガンマナイフ手術室、 造血母細胞移植相談室、中央供給室、施設部、基督教院牧室
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| B3F |
- 臨床試験センター
- 研究行政室
- 医療機器臨床試験センター
- 難治性希少疾患センター
- 地域薬物監視センター
- IRB室
- 国際画像会議室
- Q.I室
- 感染管理室
- 家庭看護事業室
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